- En 2004, l'escalier monumental de la Cour d'appel a été démonté pour réaliser d'importants travaux d'étanchéité et empêcher les ruissellements  dans la crypte.

- En 2006, un rapport parlementaire du député Christian Kert sur la protection du patrimoine a alerté les pouvoirs publics sur l'état inquiétant du monument. Ce rapport a provoqué une inspection du ministère de la Culture et la commande d’une étude au Laboratoire de recherche des Monuments Historiques (LRMH) de Champs-sur-Marne.

- Une campagne photographique, réalisée par la DRAC en 2006, a montré un effacement des graffiti, qui ne sont presque plus visibles.

- En septembre 2007, le rapport d’étape du LRMH a confirmé l'état des lieux préoccupant : un taux d'humidité dépassant 99 %, une présence importante de dépôts salins, la découverte de bactéries. Le rapport définitif, qui devait être remis en décembre 2007, comportera des préconisations très attendues.